Pirmos žinios apie mokyklą šioje vietovėje yra Lietuvos Centriniame Valstybės archyve F.173 Ap.1 B.288 L.8 „Apie viešąsias veikiančias ir neveikiančias mokyklas 1925 m. gruodžio 1 dienai“. Mokykla buvo Riešės apygardos Buivydiškių kaime. Tuo metu joje dirbo du mokytojai. Duomenų, kiek tuomet mokėsi mokinių, nerasta. Tačiau remiantis buvusių šios mokyklos mokinių pasakojimais, mokykla buvo pastatyta po I-ojo pasaulinio karo.
Apie 1910-1920 metus iš Buivydiškių dvaro savininko D. Baturlino vakarinėje Buivydiškių dvaro pusėje, ant kalvos, Dominikonų vienuolynui buvo nupirkta 6 ha. žemių. Čia buvo pastatyti du mediniai pastatai – vienas didesnis, kitas mažesnis. Šiek tiek vėliau buvo pastatytas mūrinis tvartas. Šalia didesnio pastato buvo varpinė, ant trijų didelių stulpų buvo užkabintas varpas.
Pasakojama, kad tai buvo vienuolės Marios Gryniewicz kraitis vienuolynui. Čia vienuoliai įkūrė lenkų pradinę mokyklą.
Didesnio pastato pirmame aukšte buvo mokymo patalpos, o už sudedamos sienos buvo įrengta koplyčia. Sekmadieniais ir per šventes mokykloje vykdavo šventosios mišios, kurias aukodavo Dominikonų bažnyčios kunigas. Į pamaldas sueidavo aplinkinių kaimų žmonės. Mokyklos palėpėje buvo vienuolių gyvenamosios patalpos. Čia gyveno trys vienuolės: mokyklos vadovė Maria Gryniewicz bei dvi jos padėjėjos – Śledziewska ir Fiodorowiczówna. Kai kurie vaikai buvo vienuolių maitinami. Kadangi mokykla turėjo 6 ha žemės, 5 arklius ir kitokių galvijų, tai ūkio darbams buvo reikalingi darbininkai. Darbininkai gyveno mažesniame, mokyklai priklausančiame mediniame pastate. Šiam pastatui sudegus darbininkams buvo įrengtos gyvenamosios patalpos mūriniame pastate.
Prie mokyklos veikė ir dainų bei šokių būrelis, kuriame dalyvavo vietinis jaunimas.
Po karo mokykloje buvo atidarytos rusiškos klasės, į kurias ėjo Raskazy (kaimas, kuriame gyveno beveik vien rusai) kaimo vaikai. Buvęs mūrinis ūkinis vienuolių pastatas buvo rekonstruotas į mokyklą. Taigi mokykla buvo dviejuose pastatuose. Mokykloje veikė 7, o paskui 8 klasės. Klasės buvo gausios.
1968 m. buvo pastatyta nauja mokykla Zujūnų kaime. Pagal statybos dokumentus tai buvo senosios Buivydiškių mokyklos priestatas. 1969-1970 mm. mokykla persikėlė į naują pastatą Zujūnų kaime. Senos mokyklos pastatuose buvo apgyvendintos Buivydiškių ūkio-technikumo darbininkų šeimos bei viena mokyklos mokytojų šeima. Nors mokykla buvo Zujūnų kaime, tačiau tik 1997 m. mokyklos pavadinimas iš Buivydiškių buvo pakeistas į Zujūnų.
Iki 1998 metų mokykla buvo pagrindinė, joje buvo dėstoma lenkų, lietuvių, rusų kalbomis. Nuo 1998 m. rugsėjo 1 dienos mokykloje dėstoma tik lenkų kalba. Tėvams prašant, Vilniaus rajono merė L. Janušauskienė1998 m. rugpjūčio 5 dienos įsakymu nusprendė reorganizuoti Vilniaus rajono Zujūnų pagrindinę mokyklą į vidurinę ir vadinti Vilniaus rajono Zujūnų vidurine mokykla, o nuo 1999 m. rugsėjo 1 dienos kultūros ministras Saulius Šaltenis, laikinai pavaduojantis švietimo ir mokslo ministrą, pritarė Zujūnų pagrindinės mokyklos reorganizavimui į vidurinę mokyklą. 2000 m. gegužės 15 dieną Lietuvos Respublikos švietimo ir mokslo ministras Kornelijus Platelis nuo 2000 m. rugsėjo 1 dienos mokykloje išimties tvarka leido įvesti profilinį mokymą. 2001 metais Lenkijos Respublikos bei Vilniaus rajono savivaldybės lėšomis buvo pastatyta sporto salėje, biblioteka su skaitykla bei dvi klasės.
TIKSLAI IR UŽDAVINIAI
- Aukštos ugdymo kokybės užtikrinimas.
- Mokinių kūrybiškumo ugdymas, mokymosi motyvacijos skatinimas.
- Mokymo bazės turtinimas, erdvių puoselėjimas.
MISIJA
- Teikti kokybišką priešmokyklinį, pradinį, pagrindinį ir vidurinį išsilavinimą saugioje aplinkoje.
- Ugdyti atvirą, laisvą pilietį, sąmoningą, dorą, iniciatyvią, sugebančią aktyviai panaudoti savo sugebėjimus ir galimybes besikeičiančiame pasaulyje, asmenybę.
- Sudaryti sąlygas skleistis mokinio asmenybei, padėti įgyti bendruosius ir socialinius įgūdžius, rengti juos mokymuisi visą gyvenimą;
- Ugdyti pilietiškumą, skiepyti dorą ir sąžiningumą.
VIZIJA
- Vilniaus r. Zujūnų gimnazija, kurioje vertybė – vaikas, teikia kokybišką bendrąjį išsilavinimą lenkų kalba Zujūnų ir aplinkinių vietovių vaikams.
- Gimnazijoje tenkinami įvairių gabumų ir poreikių mokinių interesai.
- Mokytojai kompetentingi, iniciatyvūs, kvalifikuoti, bendradarbiaujantys metodinėje ir kultūrinėje veikloje, mokykloje ir už jos ribų.
- Gimnazijoje sukurtos sąlygos efektyviam ugdymo procesui sveikoje, saugioje ir estetiškoje aplinkoje.
- Gimnazija – vietos bendruomenės informacijos, kultūros ir edukacijos centras.
GIMNAZIJOS TRADICIJOS IR ŠVENTĖS
BENDRADARBIAVIMAS
Vilniaus šv. Juozapo bažnyčia.
Socialiniai partneriai
Nemenčinės neįgaliųjų dienos užimtumo centras.
Kaimyninės mokyklos:
- Avižienių gimnazija;
- Sudervės pagrindinė mokykla;
- Čekoniškių pagrindinė mokykla.
Mokyklomis ir partneriais iš Lenkijos Respublikos:
- Zespół Szkół Salezjańskich w Sokołowie Podlaski;
- Zespół Szkół Ponadgimnazjalnych Nr.1 im. Mikołaja Kopernika w Busku Zdroju;
- Zespół szkół w Starym Folwarku;
- Liceum Ogólnokształcące nr 8 im. Komisji Edukacji Narodowej w Gdańsku;
- Zespół Szkół w Turośń Kościelnej.